و تختلف النسخة فی روایة ابنمالک عن النسخة المشهورة من وجوه منها:
1- تخلل الصلوات علی محمد و آله فی الفقرات بکثرة بحیث لا تکاد یخلو منها دعاء.
2- تعدد بعض الادعیة و وحدتها فالدعاء الثانی من المشهورة مندمجة فی الدعاء الاول فی روایة ابنمالک.
3- التصحیف فی کلمات مفردة من الادعیة بما تحتمله الکتابة کما هو الحال فی نسخة ابنادریس.
4- التقدیم و التأخیر فی ترتیب الادعیة.
5- التقدیم و التأخیر فی فقرات الادعیة.
6- الزیادة و النقیصة فی فقرات الادعیة.
7- نقصان مقاطع من الادعیة من المشهورة و وجودها فی روایة ابنمالک.
8- فقدان دعاء بکامله من المشهورة مما یستحق الاستدراک باسناد ابنمالک کما فی الدعاء رقم (37).
و الیک بعض الامثلة لذلک اعتمادا علی طبعة دار الکتب الاسلامیة بطهران بتقدیم السید محمد المشکاة، و السید شهابالدین المرعشی (ت 1411 ه) بالاوفسیت علی خط الحاج أحمد الزنجانی عام 1361 ه و انما اعتمدت علی هذه الطبعة لاعتمادها علی نسخة المجلسی المؤرخة 1058.
– و من المقاطع المحذوفة فی الروایة المشهورة مطلع الدعاء رقم 27 فی الدعاء لاهل الثغور و المشهورة تبتدیء بقوله علیهالسلام.
«اللهم صل علی محمد و آل محمد و حصن ثغور المسلمین بعزتک…» الخ (د / 140:27).
و روایة ابنمالک تبتدیء بالمقطع التالی:
(و من دعائه علیهالسلام لاهل الثغور و الحصون)
«اللهم ألهم أهل الثغور علم ما لنا من الحق فی خمس الغنائم الذی یغنمونه، فان ذلک عوض مما حرمته علینا علی لسان نبیک من الصدقة التی هی غسالات لذنوب الناس؛ تنزیها منک لنبیک و آله و ذریته و ولده و عترته، و ما علی ما نعنا ایاه من الذنوب و من عظیم الحوب، و انتقامک ممن ظلمناه عاجلا و آجلا، اللهم حصن ثغور المسلمین بعزتک…» الخ.
(الدعاء 18 من المخطوطة)